NgAgo-gDNA系统通过加速前基因组RNA的衰减有效地抑制乙型肝炎

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smilingcloud 发表于 2017-7-18 12:07
韩春雨的论文结论是，［NgAgo可以高效对人类DNA进行基因编辑］。
韩春雨的论文到2017年7月都没有公开发表的 ...

不能再现不等于不靠谱
所以你说不靠谱的结论是错的！

StephenW

Extracts from article

To  further  investigate  whether  the  inhibition  of  Ng
Ago  on  HBV  replication  is dependent  on  its  genome  editing  function,  T7E1  assay  was  carried  out  to  detect nucleotide  insert  or  deletion  (Indel)  in  S-142,  P-263  and  P-2166  targeting  region. Unfortunately,  we  failed  to  detect  any  cleavage  in these  sites  (Fig.  2A).  Further Sanger sequencing  also  uncovered any  DNA sequence mutation (Fig. 2B). Similarly, we  did  not  detect  expected  cleavage  band  by  T7E1  assay  (Fig.  S1D)  and  sequence alternative   at   EGFP-gDNA   targeting   region   by   Sanger   sequencing   (Fig.   S1E),
However, mRNA level of GFP was obviously down-regulated after cotransfection of
Flag-coNgAgo and EGFP-gDNA (Fig. S1F). Thus, based
on the protocol from Gao et al.[韩春雨去年5月份发表], we did not found that NgAgo-gDNA system has strong DNA editing ability. This phenomenon  was  highly  similar  with  recent  report  that  NgAgo/  fabp11a-gDNA without  DNA  editing  ability  still  induces  eye  developmental  defects  in  zebrafish through  inhibiting  fabp11a  transcription  (Qi  et  al.,  2016)[王永明].  However,  the  exact  reason for this divergence with Gao’s report remains to be an open question.
Due  to  failure  in  detecting  DNA  editing  ability  of NgAgo-gDNA,  we  further
investigated  whether  NgAgo/HBV  gDNA  affect  the  turnover  rate  of  the  pregenomic RNA.   As   shown   in   Fig.   2C,   after   treatment   with   ActD,   the   pgRNA   showed time-dependent    decrease    in    pcDNA-HBV1.1-transfected
    Huh7    cells    either cotransfected with HBV noncomplementary control guide DNA (HBV-NCG) or HBV specific    gDNAs    P-2166,    S-751    due    to    mRNA    degradation.    However,    in pcDNA-HBV1.1  transfected  Huh7  cell,  transfection  of
  P-2166  gDNA  together  with coNgAgo led to an obvious decline of pgRNA half-life (6 h in P-2166 group versus 10 h  in  HBV-NCG  group),  while  transfection  of  S-751  had  no  significant  effect  on pgRNA   degradation.   Our   results   are   consistent   with the   published   data   from Sunghyeok   Ye   et   al,   in   which   they   found   NgAgo   induced   DNA-guided   gene knockdown  through  its  DNA-dependent  RNA  cleavage  activity  in  a  targeted  manner not  DNA  editing  ability  (Sunghyeok  Ye,  et  al.,  2017).  Thus,  it  was  speculated  that NgAgo-gDNA  might  restrict  HBV  replication  mainly  through  gDNA  mediated  RNA interference of pgRNA.   
In  summary,  these  results  firstly  demonstrate  the  potential  of  NgAgo/gDNA  in
inhibiting  HBV  replication.  The  inhibitory  effect is  obviously  associated  with  gDNA targeting region. Despite of significant decrease of HBsAg, HBeAg and pgRNA level, we failed to detect any  DNA editing ability of NgAgo. Finally, we demonstrated that NgAgo/gDNA  significantly  shortened  the  half-life  of  HBV  pregenomic  RNA.  Our results demonstrate that NgAgo/gDNA exhibited inhibition in HBV replication mainly through  gDNA-induced  pgRNA  degradation  based  on  the  protocol  from  Gao et  al. (Gao  et  al.,  2016),  which  might  provide  the  interesting  clues  for  the  application  of NgAgo/gDNA system in controlling virus infection.   

文章摘录

进一步调查是否抑制Ng
HBV复制依赖于其基因组编辑功能，进行T7E1检测以检测S-142，P-263和P-2166靶向区域中的核苷酸插入或缺失（Indel）。不幸的是，我们未能检测到这些位点的任何切割（图2A）。进一步的Sanger测序也揭示了任何DNA序列突变（图2B）。类似地，我们没有通过Sanger测序在TFPE测定（图S1D）和EGFP-gDNA靶向区域的序列替代方法检测到预期的切割带（图S1E），
然而，共转染后GFP的mRNA水平明显下调
Flag-coNgAgo和EGFP-gDNA（图S1F）。因此，基于
根据Gao等人的方案，我们没有发现NgAgo-gDNA系统具有很强的DNA编辑能力。这一现象与最近有报道称，没有DNA编辑能力的NgAgo / fabp11a-gDNA通过抑制fabp11a转录而在斑马鱼中仍然引起眼睛发育缺陷，这一点非常相似（Qi等，2016）。然而，与高报的这个分歧的确切原因仍然是一个悬而未决的问题。
由于检测不到NgAgo-gDNA的DNA编辑能力，我们进一步
研究NgAgo / HBV gDNA是否影响前基因组RNA的周转率。如图所示。 2C，用ActD处理后，pgRNA显示pcDNA-HBV1.1转染的时间依赖性降低
    Huh7细胞与HBV非互补控制指导DNA（HBV-NCG）或HBV特异性gDNAs P-2166，S-751由于mRNA降解共转染。然而，在pcDNA-HBV1.1转染的Huh7细胞中，转染
  P-2166 gDNA与coNgAgo一起导致pgRNA半衰期明显下降（P-2166组6 h，HBV-NCG组10 h），S-751转染对pgRNA降解无显着影响。我们的结果与Sunghyeok Ye等人发表的数据一致，发现NgAgo通过其DNA依赖性RNA切割活性以DNA编辑能力的方式诱导DNA引导基因敲除（Sunghyeok Ye，et al。，2017 ）。因此，据推测，NgAgo-gDNA可能主要通过gDNA介导的pgRNA RNA干扰来限制HBV复制。
总之，这些结果首先证明了NgAgo / gDNA的潜力
抑制HBV复制。抑制作用明显与gDNA靶向区相关。尽管HBsAg，HBeAg和pgRNA水平显着降低，但我们未能检测到NgAgo的任何DNA编辑能力。最后，我们证实了NgAgo / gDNA显着缩短了HBV前基因组RNA的半衰期。我们的研究结果表明，NgAgo / gDNA主要通过Gao等人的方案，通过gDNA诱导的pgRNA降解来表现出HBV复制的抑制作用。 （Gao et al。，2016），这可能为NgAgo / gDNA系统在控制病毒感染中的应用提供了有趣的线索。

smilingcloud

StephenW 发表于 2017-7-18 12:52
Extracts from article

To  further  investigate  whether  the  inhibition  of  Ng

斯蒂芬大哥啊，对于纠结韩春雨论文的可再现性而言。

通篇 只需 摘要中的 一句话。
we failed to detect any  DNA editing ability of NgAgo.
我们未能检测到NgAgo的任何DNA编辑能力

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smilingcloud 发表于 2017-7-18 13:06
斯蒂芬大哥啊，对于纠结韩春雨论文的可再现性而言。

通篇 只需 摘要中的 一句话。

你反复讲未再现有卵用
不能再现不等于不靠谱
你这说不靠谱就是错的

smilingcloud

韩的论文是介绍开发出一种基因编辑工具（NgAgo）。
技术性工具的开发，必须以可再现性为前提。

没有可再现性，这个技术工具就失去了应用价值——－也就是说不靠谱。


类似的逻辑，交通工具一定要有安全性。
开发出了一种大飞机，如果没有安全性，那就是不靠谱。

smilingcloud

某副教授说A是一把剪刀，
但是其他没有任何人可以用它来再现剪切功能。

即便有人发现A可以当锤子或者锥子，
某副教授说A是一把剪刀------也还是不靠谱的。

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smilingcloud 发表于 2017-7-18 14:15
韩的论文是介绍开发出一种基因编辑工具（NgAgo）。
技术性工具的开发，必须以可再现性为前提。

你又偷换概念，未能再现不代表将来不能再现。
飞机更是扯远，现在飞机不满天飞吗？

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smilingcloud 发表于 2017-7-18 14:23
某副教授说A是一把剪刀，
但是其他没有任何人可以用它来再现剪切功能。

你又偷换概念，未能再现不代表将来不能再现。
飞机更是扯远，现在飞机不满天飞吗？

smilingcloud

发表的科学论文是过去时，不是将来时。
科学论文不是科幻小说。

飞机的发明是实打实的数据，看得见摸得着的可再现性。
古人幻想出来飞在天上的大鸟，不代表古人发明了飞机。

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smilingcloud 发表于 2017-7-18 14:43
发表的科学论文是过去时，不是将来时。
科学论文不是科幻小说。

很多科学要长期研究才能出来，过去时能说明过去多久不，就好像上帝粒子，研究了多久，放个粒子图却如外行。你说的话连科幻都不是，就是放屁。

我就问你怎知将来不会飞起来。