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楼主: newchinabok
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我国科学家开发出比Cas9/sgRNA更优的基因编辑系统   [复制链接]

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发表于 2016-8-25 04:33 |只看该作者
http://www.nature.com/news/go-forth-and-replicate-1.20473
Go forth and replicate!
To make replication studies more useful, researchers must make more of them, funders must encourage them and journals must publish them.
24 August 2016
No scientist wants to be the first to try to replicate another’s promising study: much better to know what happened when others tried it. Long before replication or reproducibility became major talking points, scientists had strategies to get the word out. Gossip was one. Researchers would compare notes at conferences, and a patchy network would be warned about whether a study was worth building on. Or a vague comment might be buried in a related publication. Tell-tale sentences would start “In our hands”, “It is unclear why our results differed …” or “Interestingly, our results did not …”.

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How many replication studies are enough?
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What might seem obvious — a paper on attempts and outcomes — was almost never an option. Many journals refused to consider replication studies, and a lot of researchers had no desire to start a feud if their results did not match. So scientists not in the know might waste time exploring a blind alley or be wary about truly promising research.

Things are improving. Nowadays, researchers who want to tell the scientific community about their replication studies have multiple ways to do so. They can chronicle their attempts on a blog, post on a preprint server or publish peer-reviewed work in those journals that do not require novelty. Just this year, the online platform F1000 launched the dedicated Preclinical Reproducibility and Robustness channel for refutations, confirmations or more nuanced replication studies. Other titles, including Scientific Data and the American Journal of Gastroenterology, have openly solicited replication attempts and negative results. In 2013, after controversial work on whether bioactive RNA molecules could cross from the digestive tract to the bloodstream, Nature Biotechnology declared itself “receptive to replication”, provided that such studies illuminate crucial research questions (Nature Biotechnol. 31, 943; 2013).

The psychology community is a leader in this: Perspectives on Psychological Science has begun publishing a new type of article, and pioneering a new form of collaboration. It asks psychologists to nominate an influential study for replication and to draw up a plan. The original author is invited to offer suggestions on the protocol, multiple labs volunteer to collect data, and results — whatever they may be — are published as a registered replication report (RRR). So far, three have been published, each with a perspective by the original authors.

Get it out there
Yet it would be inefficient to pursue such projects for more than a sliver of publications. Most replication attempts are not organized collaborations, but individual laboratories testing the next stage of their research. If those results were shared, science would benefit.

Why doesn’t this happen more often? Because the replication ecosystem, such as it is, lacks visibility, value and conventions.

When a researcher happens on an exciting paper, there is no easy way to learn about replication attempts. Replication studies are not automatically or consistently linked to original papers on journal websites, PubPeer or PubMed. When a replication attempt is mentioned in passing in a broader study, there is no way to capture it. Journals cannot be expected to curate all replication attempts of papers they publish, although they should support technology that aggregates and disseminates that information. And they should be open to publishing in-depth replication attempts for original papers. For example, Scientific Reports encourages critique by offering to waive its article-processing charge for a peer-reviewed refutation of an article published in the journal.

“Conventions around replication are in their infancy — even the vocabulary is inadequate.”
Increased visibility would raise the value of a replication attempt, but also increase the risk of retaliation against replicators. There is little reward for taking that risk. A published replication currently does little to raise the esteem of the replicator with hiring committees or grant reviewers. This creates a chicken–egg problem — researchers don’t want to conduct and publish rigorous replication studies because they are not valued, and replication studies are not valued because few are published. Commendably, funders such as the Laura and John Arnold Foundation in the United States and the Netherlands Organisation for Scientific Research are explicitly supporting replication studies, and setting high expectations for publication. Scientists can help to ensure that such studies are valued by citing them and by discussing them on social media.

Conventions around replication studies are in their infancy — even the vocabulary is inadequate. Editors who coordinate RRRs strive to avoid loaded labels such as ‘successful’ and ‘failed’ replications. The Reproducibility Initiative, a project to help labs coordinate independent replications of their own work, also shied away from similar pronouncements after its first study. A paper is a jumble of context, experiments, results, analysis and informed speculation. Outcomes can depend on apparently trivial differences in methods, such as how vigorously reagents are mixed, as one collaboration painstakingly discovered (W. C. Hines et al. Cell Rep. 6, 779–781; 2014).

Neither are there conventions for interactions between replicators and the original authors. Some original authors have refused to share data or methodological details. In other cases, some replicators broadcast their attempts without first trying to resolve inconsistencies, a practice that leaves them more open to charges of incompetence. (Thankfully, both replicators and original authors are now backing away from name-calling.) As replication becomes more mainstream, we trust that the community will establish reasonable standards of conduct.

To foster better behaviour, replication attempts must become more common. We urge researchers to open their file drawers. We urge authors to cooperate with reasonable requests for primary data, to assume good intent and to write papers — and keep records — assuming that others will want to replicate their work. We urge funders and publishers to support tools that help researchers to thread the literature together. We welcome, and will be glad to help disseminate, results that explore the validity of key publications, including our own.

Nature 536, 373 (25 August 2016) doi:10.1038/536373a
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发表于 2016-8-26 19:33 |只看该作者
澳大利亚国立大学布尔焦博士更新有关NgAgo研究近况。
依旧没有发现NgAgo起作用,并希望韩能够公开原始数据。
有趣的是布尔焦博士在文中引用了两篇科学网的中文博文,进行了分析。

详细请看下面链接

I've written an update on my #ngago experiments. Still no evidence for editing!

Once again, if the authors of this paper wish to restore any form of credibility over their technique, they must share their raw data and full and detailed protocols for us to understand why we are unable to replicate this. The distillation of few tips through the media outlets is irritating at least.

https://medium.com/@GaetanBurgio ... 00b5a4d1#.tqb0rogli
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发表于 2016-8-31 15:41 |只看该作者
韩春雨的NBT论文是否捏造数据,暂且不谈。

重复性差已经是不争的事实,
即便论文为真NgAgo也绝对没有吹捧的那样超过Cas9。

NBT发表不到半年,国际国内的领域内都有质疑的情况下,
国家拨款成立 河北科技大学基因编辑技术研究中心。

http://www.ccgp.gov.cn/cggg/dfgg ... 0160831_7249474.htm

纳税人的钱1958万元(人民币) 就是这样眼瞅着浪费的。
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发表于 2016-8-31 20:56 |只看该作者
http://www.hbdrc.gov.cn/web/web/shc_tzgl/4028818b56610e0c01567cc9941a491d.htm
关于河北科技大学基因编辑技术研究中心建设工程项目建议书的批复

总投资:项目估算总投资2.24亿元(包括室外工程),所需资金由省财政性资金安排。

---------------------------------------------

挺韩的都再讲,多给点时间,等韩进一步优化证明。

是否学术不端暂且不谈,仅凭一篇存在可重复性争议的论文,就得到如此规模投入。

学术探讨可以等,钱和荣誉一个不拉全砸下来了。

利益群体越来越多,能公平处理争议比较难啊。


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发表于 2016-8-31 22:48 |只看该作者
本帖最后由 newchinabok 于 2016-8-31 22:50 编辑

治愈乙肝新药一定在欧美国家研制成功,因为是他们长期资金,科研投入,长期不懈积累,严肃认真的工作态度,是他们成功的基础

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发表于 2016-8-31 22:58 |只看该作者
企业研发,自负盈亏,可以赌一把。
政府研发,纳税人买单,不该铤而走险。

国内政府拨款,行政领导大笔一挥,面子、政绩在首位。

等着看最终坐实NgAgo效率远远低于Cas9时,河北省政府上亿投资打水漂。
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发表于 2016-9-1 00:30 |只看该作者



脑残又来瞎BB
我还没见房地产投资会打水漂的,只见过转眼升值一半。
欢迎收看肝胆卫士大型生活服务类节目《乙肝勿扰》,我们的目标是:普度众友,收获幸福。
我是忠肝义胆MP4。忠肝义胆-战友的天地
QQ群搜"忠肝义胆孰能群"加入

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发表于 2016-9-1 06:44 |只看该作者
本帖最后由 smilingcloud 于 2016-8-24 14:05 编辑


逗傻子玩与欺负小动物一样,都是缺乏人道的。

我深刻反省并向MP4道歉。

以后避免犯同样错误。
请诸位网友监督。

保证不再回复MP4任何帖子,
以呵护MP4脆弱的玻璃心。

2016年8月24日
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发表于 2016-9-4 17:02 |只看该作者
http://mp.weixin.qq.com/s?__biz= ... TFLoG5u4FHNez0Va7IN
敦请韩春雨尽快公布“诺奖级”实验的原始数据 | 今日话题
原创 2016-09-04 张德笔 今日话题
第3638期

导语
今年5月2日,世界顶级学术刊物《自然·生物技术》刊发了河北科技大学副教授韩春雨的一篇论文,此论文影响巨大,甚至被部分媒体誉为“诺奖级”实验成果。但没过多久,就有多位外国同行宣称韩的实验没法重复,并呼吁韩公开所有原始数据。8月2日,河北科技大学回应人民日报:在一个月之内韩春雨将采取适当形式公开验证,届时将有权威第三方作证。然而一个月转瞬即逝,韩春雨和河北科大还是没有让人信服。



▲ 韩春雨面临的巨大问题在于实验不可重复

韩春雨的这篇论文,之所以能引起如此大的关注,因为他宣称发明了一种新的基因编辑技术。这种叫做NgAgo的技术,比目前科学家正在使用的CRISPR Cas基因编辑技术要好很多。

这篇论文给了学术界很大震动,许多实验室开始跟进,准备重复实验。遗憾的是,国际学术界多位科学家公开表示,韩春雨的实验难以重复,NgAgo技术没有奏效。

质疑声到达顶峰是在7月底。澳大利亚国立大学基因学家Gaetan Burgio原本支持NgAgo,但在7月29日,实验的进一步结果出炉后,Gaetan Burgio表示并无严格意义上的证据显示韩春雨的NgAgo技术有基因编辑的迹象,并且要求韩春雨公开所有原始数据和实验条件。就在同一天,西班牙国家生物技术中心的遗传学家Lluís Montoliu给国际转基因技术协会会员群发了一封邮件,邮件中提到“放弃任何与NgAgo有关的实验,请不要再浪费时间、金钱、动物和人力。”

韩春雨从暴得大名到陷入争议旋窝,只用了两、三个月
韩春雨从暴得大名到陷入争议旋窝,只用了两、三个月

面对种种质疑,韩春雨在8月8日,提交了一份全新的、更详细的实验细节报告,以便科学家进行重复实验。但是,细胞生物学博士后蔡宇伽声称,尽管他严格地按照新版的实验步骤,确保了细胞无污染,实验依然失败了。

再看国外,加州大学伯克利分校生物学家Jennifer Doudna评论说,迄今为止(到8月26日),没有任何实验室,能重复NgAgo的结果,无论是新版还是旧版的实验方法。

根据最新消息,国内依然仅有1位实名学者(中科院博士生导师仇子龙)成功进行了韩的实验操作。但他同样认为,目前的实验结果距离韩春雨论文中的结果“相差甚远”。

目前比较让人费解的有两点。第一,前一段时间,韩春雨宣称已经有20家实验室重复了实验,但最近改口成6、7家,并且不愿意透露是哪些实验室;第二,韩拒绝进一步公开实验数据,并且打了一个比喻:“公布也没用,那不等于韩寒公布手稿吗?”

▲ 不能重复试验不代表一定造假,公开原始数据可以自证清白

不能重复实验,不代表一定造假。因为存在三种可能:1,确实是造假的,当然不能重复;2,有关键性的实验步骤没有披露;3,实验过程中受到了外界环境的干扰。

到目前为止,还不能因为国际学术界广泛质疑韩的实验不可重复,而断定韩学术造假。在科学界,“造假”是最严重的指控。这样的指控,否定的不仅是被指控者的学术水平,更否定了他的学术名誉乃至人格。缺乏决定性证据,单纯只是实验无法重复,并不能成为指控其他学者“造假”的理由。

但是,在面对质疑时,应该采取什么态度倒是清晰的。8月2日,《自然·生物技术》发言人表示,由于有很多研究者联系刊物,表示无法重复这项研究,杂志“将按照既定流程来调查此事”、“作为在自然科研旗下期刊发表论文的条件之一,作者须将材料、数据、代码和相关的实验流程及时向读者提供,不可加以不当限制”。

在自然科研旗下期刊发表论文,作者须将材料、数据、代码和相关的实验流程及时向读者提供,不可加以不当限制
在自然科研旗下期刊发表论文,作者须将材料、数据、代码和相关的实验流程及时向读者提供,不可加以不当限制

曾担任许多国际学术会议程序委员会委员、联执主席的吴军认为,方便同行证实自己的科研成果是科学家的责任,最基本的是在论文中写清实验怎么做,如受论文篇幅限制,那么科学家有义务为同行答疑。

虽然说目前可以静待《自然·生物技术》的调查结果,但是,河北科技大学让韩春雨自己去重复实验,价值有限。应该像《自然·生物技术》杂志要求的那样,公布实验的原始数据。别人可以比对原始数据和论文中的数据有何不同。据中国最著名的科普作者方舟子介绍,在论文中公布的实验数据、图片,是为了说明问题而归纳、整理过的,并不是原始数据。做实验的时候在实验本记下的数据,或者仪器记录的数据,才是原始数据。

所以,这个时候公布原始数据,是证明自己没有造假的唯一方式。

▲ 即使不给科学界一个交代,也要给民众一个说法

按照韩春雨的说法,有些科学家并不诚恳,他不愿意去理会这些质疑,“不回应就是最好的回应”。如果说,韩可以不理某些同行的质疑,但他也一定要给公众一个解释,因为巨大的“科研成果”是和巨额财政拨款联系在一起的。

今年8月,河北省发改委批复了河北科技大学基因编辑技术研究中心的建设项目,造价超过2亿,这个项目能批复下来,完全因韩春雨一人之力。而且,在一片质疑声中,项目招标正在如火如荼展开。

图片来源:中国政府采购网
图片来源:中国政府采购网

韩春雨成了河北省科协副主席,河北科大的基因编辑项目也因此入选“世界一流学科建设项目”,可以说,河北科大和韩春雨,已经捆绑在一起,是一荣俱荣一损俱损的关系。河北科大对韩春雨的调查能进展到什么地步,值得关注。

这里可以举一个日本的例子。日本“学术女神”小保方晴子2014年在《自然》发表的STAP细胞的论文,引来了加州大学戴维斯分校教授保罗·诺福勒等美国学者的质疑,他们声称论文中有2张照片疑似造假。后来,这场登上《自然》年度十大科学事件的学术闹剧,以主角小保方晴子的辞职、她的导师笹井芳树悬梁自尽而告终。

值得注意的是,对小保方晴子学术不端行为的调查,并不是由《自然》杂志负责,而是由她所在的日本理化学研究所和早稻田大学负责。

▲ 科学家的成功很难离开学术圈,要尊重科学共同体的规则

科学的问题,要用科学的方式去解决。韩春雨引发的争议,首先和重复实验有关。

那么,为什么一定要做重复实验?因为证实一个科学结论最简单的方法,就是让同行来重复自己的实验,如果别人在同样条件下能够得到同样的结果,那么这个结论算是初步被证实了。如果一个科学家做出一个实验结果,谁都不能重复,甚至就连他自己第二次也得不到同样的结果,那么,学术界只能认定这个发明或发现是无效的。

这就是科学共同体的残酷规则。韩春雨现在贴着很多标签,最吸引普通人注意的是三无(无名校、无名气、无职位)科学家、小作坊式科研、未来诺奖潜在冲击者。在官办科研成果寥寥的背景下,一位学术出身并不瞩目、供职于二本高校、科研经费吃紧的副教授,发表了一篇举世瞩目的论文,民众对他的期待自不待言。

我们自然也期待韩春雨没有学术不端的行为。但是,千万不要树立一种他遗世独立、孤芳自赏的孤傲科学家的形象。历史上,确实有一些比同行水平高太多的科学家,但绝对是极少数。大多数做出成果的科学家,都无法逃离学术圈的共同进步、共同规则。比如今年验证引力波的LIGO,是在相距3000公里处建设了两套相同的系统,以确定接收到的是来自宇宙的引力波信号,而不是噪音。这个实验,所有的细节都公开了,以便其他科学家查验和质疑。

现在,一个月的承诺期已经过去,针对NgAgo的实验,依旧没有任何实验室公开宣称可以重复,亦未见河北科技大学的后续声明。这确实比较蹊跷。韩春雨如果再不公布实验原始数据或其他自证清白的可能,对他本人和河北科技大学都极为不利。

结语

由于这件事牵扯到国际著名学术期刊,也在国际学术界引发广泛关注,所以一定会有一个最终结果,真的,不会被冤枉;假的,也一定跑不掉。


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张德笔
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本帖最后由 smilingcloud 于 2016-9-4 17:07 编辑

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河北科技大学承诺公布验证时间已到,韩春雨事件未了——韩春雨事件时间表
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