肝细胞癌患者的匹配肿瘤，相邻非肿瘤组织和相应的正常血

StephenW

Oncotarget. 2017 Feb 17. doi: 10.18632/oncotarget.15428. [Epub ahead of print]
Whole genome sequencing of matched tumor, adjacent non-tumor tissues and corresponding normal blood samples of hepatocellular carcinoma patients revealed dynamic changes of the mutations profiles during hepatocarcinogenesis.
Mao R1,2, Liu J2, Liu G2, Jin S2, Xue Q3, Ma L2, Fu Y4, Zhao N2, Xing J5, Li L1, Qiu Y6, Lin B1,2,7.
Author information

1    Collaborative Innovation Center for Diagnosis and Treatment of Infectious Diseases, The First Affiliated Hospital, School of Medicine, Zhejiang University, Hangzhou, China.
2    Systems Biology Division, Zhejiang-California International Nanosystems Institute (ZCNI), Zhejiang University, Hangzhou, Zhejiang Province, P.R. China.
3    Departmant of Agronomy, College of Agriculture and Biotechnology, Zhejiang University, Hangzhou, P. R. China.
4    College of Animal Sciences, Zhejiang University, Hangzhou, P. R. China.
5    State Key Laboratory of Cancer Biology and Experimental Teaching Center of Basic Medicine, Fourth Military Medical University, Xi'an, China.
6    The First Affiliated Hospital, School of Medicine, Zhejiang University, Hangzhou, China.
7    Departmant of Urology, University of Washington, Seattle, USA.

Abstract

Hepatocellular carcinoma (HCC) has become the third most deadly disease worldwide and HBV is the major factor in Asia and Africa. We conducted 9 WGS (whole genome sequencing) analyses for matched samples of tumor, adjacent non-tumor tissues and normal blood samples of HCC patients from three HBV positive patients. We then validated the mutations identified in a larger cohort of 177 HCC patients. We found that the number of the unique somatic mutations (average of 59,136) in tumor samples is significantly less than that in adjacent non-tumor tissues (average 83, 633). We discovered that the TP53 R249S mutation occurred in 7.7% of the HCC patients, and it was significantly associated with poor diagnosis. In addition, we found that the L104P mutation in the VCX gene (Variable charge, X-linked) was absent in white blood cell samples, but present at 11.1% frequency in the adjacent tissues and increased to 14.6% in HCC tissues, suggesting that this mutation might be a tumor driver gene driving HCC carcinogenesis. Finally, we identified a TK1-RNU7 fusion, which would result in a deletion of 103 amino acids from its C-terminal. The frequencies of this fusion event decreased from the adjacent tissues (29.2%) to the tumors (16.7%), suggesting that a truncated thymidine Kinase1 (TK1) caused by the fusion event might be deleterious and be selected against during tumor progression. The three-way comparisons allow the identification of potential driver mutations of carcinogenesis. Furthermore, our dataset provides the research community a valuable dataset for identifying dynamic changes of mutation profiles and driver mutations for HCC.
KEYWORDS:

hepatitis B virus (HBV); hepatocellular carcinoma (HCC); mutations; next-generation sequencing; whole genome sequencing

PMID:
    28412734
DOI:
    10.18632/oncotarget.15428

StephenW

Oncotarget。 2017年2月17日。doi：10.18632 / oncotarget.15428。 [提前印刷]
肝细胞癌患者的匹配肿瘤，相邻非肿瘤组织和相应的正常血液样本的全基因组测序揭示了肝癌发生过程中突变特征的动态变化。
毛ao ao ao ao Liu Liu Liu Liu Liu Liu X X X X X X X X X Zhao Zhao Zhao X X X X X X X X Lin Lin Lin Lin Lin Lin Lin Lin Lin Lin。。
作者信息

1浙江大学医学院附属第一医院传染病诊断与治疗协同创新中心，杭州。
浙江大学浙江杭州国际纳米科学研究所系统生物系2人，浙江杭州浙江省中国。
浙江大学农业与生物技术学院农学系，杭州，中国。
浙江大学动物科学学院，杭州，中国。
5第四军医大学基础医学院癌症生物学实验教学中心国家重点实验室，西安，
6浙江大学医学院附属第一医院，杭州，中国。
华盛顿大学，美国西雅图大学泌尿外科专员7名。

抽象

肝细胞癌（HCC）已成为全球第三大致命疾病，HBV是亚洲和非洲的主要因素。我们对来自3名HBV阳性患者的HCC患者的肿瘤，相邻非肿瘤组织和正常血液样本进行了9次WGS（全基因组测序）分析。然后，我们验证了177例HCC患者的较大队列中确定的突变。我们发现肿瘤样本中独特的体细胞突变（平均59,136）的数量明显低于相邻非肿瘤组织（平均83,633）。我们发现TP53 R249S突变发生在7.7％的HCC患者中，与诊断不良相关。此外，我们发现白血病样本中VCX基因（可变电荷，X连锁）中的L104P突变不存在，而在相邻组织中以11.1％的频率存在，并在HCC组织中增加到14.6％，表明这种突变可能是驱动HCC致癌作用的肿瘤驱动基因。最后，我们确定了一个TK1-RNU7融合蛋白，它将导致其C-末端缺失103个氨基酸。这种融合事件的频率从邻近组织（29.2％）降低到肿瘤（16.7％），表明由融合事件引起的截短的胸苷激酶1（TK1）可能是有害的并且在肿瘤进展期间被选择。三项比较可以确定潜在的致癌作用突变。此外，我们的数据集为研究社区提供了一个有价值的数据集，用于识别HCC的突变特征和驱动突变的动态变化。
关键词：

乙型肝炎病毒（HBV）;肝细胞癌（HCC）;突变;下一代测序;全基因组测序

PMID：
    28412734
DOI：
    10.18632 / oncotarget.15428

StephenW

Oncotarget。 2017年2月17日。doi：10.18632 / oncotarget.15428。 [提前印刷]
肝细胞癌患者的匹配肿瘤，相邻非肿瘤组织和相应的正常血液样本的全基因组测序揭示了肝癌发生过程中突变特征的动态变化。
毛ao ao ao ao Liu Liu Liu Liu Liu Liu X X X X X X X X X Zhao Zhao Zhao X X X X X X X X Lin Lin Lin Lin Lin Lin Lin Lin Lin Lin。。
作者信息

1浙江大学医学院附属第一医院传染病诊断与治疗协同创新中心，杭州。
浙江大学浙江杭州国际纳米科学研究所系统生物系2人，浙江杭州浙江省中国。
浙江大学农业与生物技术学院农学系，杭州，中国。
浙江大学动物科学学院，杭州，中国。
5第四军医大学基础医学院癌症生物学实验教学中心国家重点实验室，西安，
6浙江大学医学院附属第一医院，杭州，中国。
华盛顿大学，美国西雅图大学泌尿外科专员7名。

抽象

肝细胞癌（HCC）已成为全球第三大致命疾病，HBV是亚洲和非洲的主要因素。我们对来自3名HBV阳性患者的HCC患者的肿瘤，相邻非肿瘤组织和正常血液样本进行了9次WGS（全基因组测序）分析。然后，我们验证了177例HCC患者的较大队列中确定的突变。我们发现肿瘤样本中独特的体细胞突变（平均59,136）的数量明显低于相邻非肿瘤组织（平均83,633）。我们发现TP53 R249S突变发生在7.7％的HCC患者中，与诊断不良相关。此外，我们发现白血病样本中VCX基因（可变电荷，X连锁）中的L104P突变不存在，而在相邻组织中以11.1％的频率存在，并在HCC组织中增加到14.6％，表明这种突变可能是驱动HCC致癌作用的肿瘤驱动基因。最后，我们确定了一个TK1-RNU7融合蛋白，它将导致其C-末端缺失103个氨基酸。这种融合事件的频率从邻近组织（29.2％）降低到肿瘤（16.7％），表明由融合事件引起的截短的胸苷激酶1（TK1）可能是有害的并且在肿瘤进展期间被选择。三项比较可以确定潜在的致癌作用突变。此外，我们的数据集为研究社区提供了一个有价值的数据集，用于识别HCC的突变特征和驱动突变的动态变化。
关键词：

乙型肝炎病毒（HBV）;肝细胞癌（HCC）;突变;下一代测序;全基因组测序

PMID：
    28412734
DOI：
    10.18632 / oncotarget.15428

StephenW

http://www.impactjournals.com/on ... mp;path%5B%5D=49292