分子动力学模拟，以确定绑定到一种新型的抗病毒的药物结

StephenW

Chem Pharm Bull (Tokyo). 2016;64(9):1393-6. doi: 10.1248/cpb.c16-00132.
Molecular Dynamics Simulations to Determine the Structure and Dynamics of Hepatitis B Virus Capsid Bound to a Novel Anti-viral Drug.Watanabe G1, Sato S, Iwadate M, Umeyama H, Hayakawa M, Murakami Y, Yoneda S.
Author information

• 1School of Science, Kitasato University.
  

AbstractHepatitis B virus (HBV) chronically infects millions of people worldwide and is a major cause of serious liver diseases, including liver cirrhosis and liver cancer. In our previous study, in silico screening was used to isolate new anti-viral compounds predicted to bind to the HBV capsid. Four of the isolated compounds have been reported to suppress the cellular multiplication of HBV experimentally. In the present study, molecular dynamics simulations of the HBV capsid were performed under rotational symmetry boundary conditions, to clarify how the structure and dynamics of the capsid are affected at the atomic level by the binding of one of the isolated compounds, C13. Two simulations of the free HBV capsid, two further simulations of the capsid-C13 complex, and one simulation of the capsid-AT-130 complex were performed. For statistical confidence, each set of simulations was repeated by five times, changing the simulation conditions. C13 continued to bind at the predicted binding site during the simulations, supporting the hypothesis that C13 is a capsid-binding compound. The structure and dynamics of the HBV capsid were greatly influenced by the binding and release of C13, and these effects were essentially identical to those seen for AT-130, indicating that C13 likely inhibits the function of the HBV capsid.


PMID:27581644DOI:10.1248/cpb.c16-00132

StephenW

化学医药布尔（东京）。 2016年; 64（9）：1393-6。 DOI：10.1248 / cpb.c16-00132。
分子动力学模拟，以确定绑定到一种新型的抗病毒的药物结构与乙型肝炎病毒衣壳的动力。
渡边G1，佐藤S，岩馆男，Umeyama H，早川男，村上Y，米田S.
作者信息

    科学1School，北里大学。

抽象

乙型肝炎病毒（HBV）慢性感染全世界数百万人和是严重的肝脏疾病，包括肝硬化和肝癌的一大原因。在我们以前的研究中，在计算机芯片筛选用于分离新的抗病毒化合物的预测结合HBV的衣壳。分离的化合物的四已报道实验抑制HBV的细胞增殖。在本研究中，乙型肝炎病毒衣壳的分子动力学模拟的旋转对称边界条件下进行，以阐明如何衣壳的结构和动力学在由分离的化合物中的一种，C13的结合的原子水平的影响。进行自由HBV衣壳两个模拟，衣壳-C13复杂的两个另外的模拟，以及衣壳-AT-130复合物中的一个仿真。为统计置信，每一组的模拟的被五次重复，改变了模拟的条件。 C13继续模拟期间在预测的结合位点结合，支持这一假设C13是一个衣壳结合化合物。乙肝病毒衣壳的结构和动力学由C13的结合和释放被极大地影响，并且这些影响的那些看出对于AT-130基本相同的，这表明C 13可能抑制乙肝病毒衣壳的功能。

结论：
    27581644
DOI：
    10.1248 / cpb.c16-00132

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北里研究所由被誉为“日本细菌学之父”的北里柴三郎（1853-1931年）设立于1914年，是继承北里博士“研究成果必须用于实践”的精神积极工作的研究机构，同时是当今日本最具权威的国际性传染病研究机构。

smilingcloud

哎。。。。  
有些人似乎就会百度，临时抱佛脚。

介绍 北里大学 ，怎么就不提 跟屠呦呦一起在2015年共同获得诺贝尔生理或医学奖的 大村智呢。

哎。