母婴传播的乙型肝炎病毒感染者、相当比例的HBeAg阳性患者,尽管血清中的HBV DNA 水平很高,但是ALT水平正常,一般认为这些病人处于免疫耐受期。随着HBV感染时间的延长,这类病人大多数都会出现ALT水平升高。ALT水平高的HBeAg阳性慢性乙型肝炎患者,每年HBeAg自然清除率为8%~12%;但是ALT水平正常的处于免疫耐受期的慢性乙型肝炎患者或免疫受损宿主HBeAg自发清除率很低。HBeAg清除可伴有一过性的肝炎病情加重,ALT水平升高。ALT水平、年龄、HBV基因型B(相对于基因型C)与HBeAg清除率有关。