经验表明，单独应用泼尼松或联合硫唑嘌呤治疗AIH能明显缓解症状、改善生化指标异常及组织学改变，并提高生存率。若血清转氨酶升高超过2倍正常值，同时肝脏活检提示界面性肝炎，则建议开始治疗。
AIH具有一定波动性，血清转氨酶可在一段时间自发降至正常，稍晚再次升高，在此种情况下仍存在潜在的炎症坏死，因此并不能将血清转氨酶的水平作为判断疾病活动性的唯一指标，而肝脏活检对于决定是否进行治疗及治疗的应答具有很大作用。
非活动性肝硬化同时伴有门脉高压症的患者，若不存在肝细胞炎症反应或虽有轻度的界面性肝炎但没有明显症状，则不需进行药物治疗。若患者已发展为非活动性肝硬化失代偿期则更适合行肝移植术。
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