肝胆相照论坛

标题: 肝脏外植体转录组的深度测序揭示了整合性乙型肝炎病毒DNA [打印本页]

作者: StephenW 时间: 2020-6-29 15:14 标题: 肝脏外植体转录组的深度测序揭示了整合性乙型肝炎病毒DNA

Deep Sequencing of Liver Explant Transcriptomes Reveals Extensive Expression From Integrated Hepatitis B Virus DNA
Johan Ringlander 1 , Catarina Skoglund 2 3 , Kasthuri Prakash 1 , Maria E Andersson 1 , Simon B Larsson 1 , Ka-Wei Tang 1 , Gustaf E Rydell 1 , Sanna Abrahamsson 4 , Maria Castedal 2 3 , Heléne Norder 1 , Kristoffer Hellstrand 1 , Magnus Lindh 1
Affiliations
Affiliations

1
Department of Infectious Diseases, Institute for Biomedicine, Sahlgrenska Academy, University of Gothenburg, Gothenburg, Sweden.
2
The Transplant Institute, Department of Surgery, Sahlgrenska University Hospital, Gothenburg, Sweden.
3
Institute of Clinical Sciences, Sahlgrenska Academy, University of Gothenburg, Gothenburg, Sweden.
4
Bioinformatics Core Facility, Sahlgrenska Academy, University of Gothenburg, Gothenburg, Sweden.

PMID: 32592629 DOI: 10.1111/jvh.13356

Abstract

Hepatitis B virus (HBV) is a major cause of hepatocellular carcinoma (HCC). Integration of HBV DNA into the human genome may contribute to oncogenesis and to the production of the hepatitis B surface antigen (HBsAg). Whether integrations contribute to HBsAg levels in the blood is poorly known. Here we characterize the HBV RNA profile of HBV integrations in liver tissue in patients with chronic HBV infection, with or without concurrent hepatitis D infection, by transcriptome deep sequencing. Transcriptomes were determined in liver tissue by deep sequencing providing 200 million reads per sample. Integration points were identified using a bioinformatic pipeline. Explanted liver tissue from five patients with end-stage liver disease caused by HBV or HBV/HDV was studied along with publicly available transcriptomes from 21 patients. Almost all HBV RNA profiles were devoid of reads in the core and the 3' redundancy (nt 1830-1927) regions, and contained a large number of chimeric viral/human reads. Hence HBV transcripts from integrated HBV DNA rather than from covalently closed circular HBV DNA (cccDNA) predominated in late-stage HBV infection, in particular in cases with hepatitis D virus co-infection. The findings support the suggestion that integrated HBV DNA can be a significant source of HBsAg in humans.

Keywords: HBsAg; HCC; hepatitis B virus; integration; transcriptome.

This article is protected by copyright. All rights reserved.

作者: StephenW 时间: 2020-6-29 15:15

肝脏外植体转录组的深度测序揭示了整合性乙型肝炎病毒DNA的广泛表达
约翰·林格兰德（Johan Ringlander）1，卡塔琳娜·斯科格隆德（Catarina Skoglund）2 3，卡斯杜里·普拉卡什（Kashthuri Prakash）1，玛丽亚·E·安德森（Maria E Andersson）1，西蒙·B·拉尔森（Simon B Larsson）1，唐嘉玮1，古斯塔夫·埃·雷德尔（Gustaf E Rydell）1，桑娜·亚伯拉罕森（Sanna Abrahamsson）4，玛丽亚·卡斯特达尔（Maria Castedal）2 3，海伦·诺德（HeléneNorder）1，克里斯托弗·海斯特兰德（Kristoffer Hellstrand）1马格努斯·林德1
隶属关系
隶属关系

1个
瑞典哥德堡大学，萨尔格伦斯卡学院，生物医学研究所，传染病系。
2
瑞典哥德堡萨尔格伦斯卡大学医院外科外科移植研究所。
3
瑞典哥德堡大学，萨尔格伦斯卡学院临床科学研究所。
4
瑞典哥德堡大学，萨尔格伦斯卡学院，生物信息学核心设施。

PMID：32592629 DOI：10.1111 / jvh.13356

抽象

乙型肝炎病毒（HBV）是肝细胞癌（HCC）的主要原因。 HBV DNA整合到人类基因组中可能有助于肿瘤发生和乙型肝炎表面抗原（HBsAg）的产生。整合是否有助于血液中HBsAg的水平鲜为人知。在这里，我们通过转录组深度测序来表征慢性HBV感染（有或没有并发D型肝炎）患者肝组织中HBV整合的HBV RNA谱。通过深度测序确定肝组织中的转录组，每个样品提供2亿个读数。整合点使用生物信息学管道进行鉴定。研究了五例由HBV或HBV / HDV引起的终末期肝病患者的肝组织，以及来自21例患者的公开转录组。几乎所有的HBV RNA图谱在核心区和3'冗余区（核苷酸1830-1927）都没有读取，并包含大量的嵌合病毒/人读取。因此，在晚期HBV感染中，特别是在D型肝炎病毒共感染的情况下，整合的HBV DNA而不是共价闭合的环状HBV DNA（cccDNA）产生的HBV转录本。这些发现支持了整合的HBV DNA可能是人类HBsAg的重要来源的建议。

关键字：HBsAg； HCC；乙型肝炎病毒;积分;转录组。

本文受版权保护。版权所有。

作者: windu 时间: 2020-6-29 18:44

整合DNA是HBsAg的重要来源，只有免疫疗法一条路吗？

作者: windu 时间: 2020-6-29 18:47

这样看来0731会失败？

作者: newchinabok 时间: 2020-6-29 18:57

windu 发表于 2020-6-29 18:44
整合DNA是HBsAg的重要来源，只有免疫疗法一条路吗？

整合DNA，随着人细胞分裂也可以丢失。我以前好像看过一些文献讲过

作者: newchinabok 时间: 2020-6-29 19:05

HBV基因组在宿主细胞酶的作用下，病毒双链线性DNA还可整合至宿主DNA中，整合的病毒基因组片段缺少核心蛋白的启动子和增强子，无法成为病毒复制的模板，但因其含有HBsAg的启动子区域，可持续表达HBsAg，是HBeAg阴性患者HBsAg的主要来源。

作者: windu 时间: 2020-6-29 19:29

如果无法成为病毒模板，当cccdna干掉以后，随着细胞生命周期的更新，整合HBsAg持续丢失，实现治愈，这样看来cccdna还是关键，如果目前的这几个关于cccdna，以及整合HBsAg的理论没有问题，估计这一轮新药组合成功的概率真的就很大了

作者: StephenW 时间: 2020-6-29 20:15

回复 newchinabok 的帖子

"整合DNA，随着人细胞分裂也可以丢失" - 不正确的. 你的基因会随着人细胞分裂可以丢失吗?

作者: newchinabok 时间: 2020-6-29 21:05

StephenW 发表于 2020-6-29 20:15
回复 newchinabok 的帖子

"整合DNA，随着人细胞分裂也可以丢失" - 不正确的. 你的基因会随着人细胞分裂可 ...

hbvDNA是外来基因

作者: zjs123 时间: 2020-6-29 21:21

这个结论从现实中还是有点疑问。比如1.如果整合DNA不能消除，却有很多hbeag阴性患者随着时间自愈hbsag转阴。 2. 金牌了，也就是hbsag检测不到了，但是并不是整合dna就没有了，因为这些人可能免疫抑制以后，肝炎有可能复发。这两点不能证明整合DNA表达hbsag

作者: newchinabok 时间: 2020-6-29 21:36

zjs123 发表于 2020-6-29 21:21
这个结论从现实中还是有点疑问。比如1.如果整合DNA不能消除，却有很多hbeag阴性患者随着时间自愈hbsag转阴 ...

hbsag来源于ccdna和整合的DNA，这是科学界的定论，基因编辑切割整合hbvDNA，hbsag变少很多的试验也整明了

作者: newchinabok 时间: 2020-6-29 21:36

zjs123 发表于 2020-6-29 21:21
这个结论从现实中还是有点疑问。比如1.如果整合DNA不能消除，却有很多hbeag阴性患者随着时间自愈hbsag转阴 ...

hbsag来源于ccdna和整合的DNA，这是科学界的定论，基因编辑切割整合hbvDNA，hbsag变少很多的试验也整明了

作者: StephenW 时间: 2020-6-29 21:38

回复 newchinabok 的帖子

hbvDNA是外来基因 - 有丝分裂不知道hbvdna是外来基因!

整合hbvDNA被整合到染色体(chromosome)中, 与cccDNA不同的是cccDNA形成了自己的微型染色体(mini-chromosome). 细胞分裂期间（mitosis)有丝分裂）导致两个子细胞各自具有相同数量和种类的染色体, 但cccDNA未复制，无有丝分裂, 因此，当细胞核分裂时可能会丢失（进入细胞质).

作者: zjs123 时间: 2020-6-29 21:44

回复 newchinabok 的帖子

那怎么解释hbsag转阴的病人中，整合DNA仍然存在呢？

作者: StephenW 时间: 2020-6-29 21:53

回复 zjs123 的帖子

1.如果整合DNA不能消除，却有很多hbeag阴性患者随着时间自愈hbsag转阴 -
hbsag转阴不意味着没有hbsag生产的, 仅表示产生的HBsAb数量大于产生的HBsAg数量, 所有HbsAg中和了, 只剩下HBsAb, 因此HBsAb阳性, HBsAg阴性.

2. 金牌了!
肝炎有可能复发因为仍然存在cccDNA, 整合dna无法生产新的乙肝病毒粒子, 只产生一些病毒蛋白(无害)

为了使RNAi成功, RNAI 也必须干扰由整合hbvdna产生的mRNA.

作者: zjs123 时间: 2020-6-29 22:09

回复 StephenW 的帖子

这样，一方面说明整合DNA是可以被消除或者慢慢消失的，否则它们产生的hbsag会一直抑制免疫系统的识别。 2. 金牌的意义是什么呢？整合DNA仍然存在，造成肿瘤的原因就一直存在

作者: StephenW 时间: 2020-6-29 22:25

回复 zjs123 的帖子

这样，一方面说明整合DNA是可以被消除或者慢慢消失的，否则它们产生的hbsag会一直抑制免疫系统的识别 -

REP2139和来自Arrowhead的新RNAi可抑制cccdNA和整合型hbvdna的HBsAg分泌.
有必要消除hbsag, 然后刺激免疫系统产生HBsAb, 然后停止所有药物, 免疫系统可以继续产生更多的HBsAb和HBV特异性T细胞.

2. 金牌的意义是什么呢？整合DNA仍然存在，造成肿瘤的原因就一直存在

金牌的意义是功能性治愈. 整合DNA, 取决于整合的地方, 可能导致肝癌, 可能会增加患癌症的机会, 很少是肝癌的唯一原因.

欢迎光临肝胆相照论坛 (http://hbvhbv.info/forum/)